La proposta legislativa crea aquest ens per “protegir, planificar, gestionar, millorar i estudiar el medi natural de Catalunya”, i per “conservar el patrimoni natural, la biodiversitat i la geodiversitat, a més de garantir els serveis ambientals i les externalitats positives dels ecosistemes”.
L’Agència s’ocuparà de les polítiques de biodiversitat arreu del territori, tant dels hàbitats com de les espècies, tant terrestres com marines; del patrimoni geològic; del sistema d’espais naturals protegits; dels centres de recuperació de fauna salvatge i la lluita contra les espècies invasores; i de garantir la funcionalitat ecològica de la infraestructura verda entre d’altres. I tot això amb el màxim nivell de participació, cogestió i governança amb el conjunt d’ens i entitats del país, dels sectors econòmics i dels actors del territori.
S’ocuparà també de fomentar i fer compatible la conservació del patrimoni natural i la biodiversitat amb el desenvolupament territorial, l’activitat econòmica i social, la generació d’ocupació, l’emprenedoria i la innovació. L’objectiu és que les polítiques de natura generin valor afegit en el territori i esdevinguin un motor econòmic i de fixació de capital humà per al món rural.
Les competències en matèria de boscos, de caça i pesca i de vigilància (el Cos d’Agents Rurals) seguiran adscrites al Departament d’Agricultura, Ramaderia, Pesca i Alimentació.
Catalunya té més d’1 milió d’hectàrees protegides que aporten més de 2.500 milions d’euros de beneficis anuals en forma de serveis ecosistèmics. Concretament, el 32% de superfície està protegida pel Pla d’espais d’interès natural, el qual inclou els espais de la xarxa Natura 2000 i els espais naturals de protecció especial, com ara els parcs naturals. Compta amb més de 400 espècies d’animals vertebrats, més de 10.000 espècies d’animals invertebrats i més de 4.000 plantes vasculars. Això suposa 12 vegades més hàbitats d’interès comunitari per unitat de superfície que el conjunt d’Espanya, 6 vegades més que Itàlia, 3 més que Portugal, 13 més que França, 14 més que Suècia o la Gran Bretanya i 15 més que Alemanya. Així, el patrimoni natural és un tret distintiu de Catalunya i un actiu estratègic que cal protegir i gestionar adequadament.
Tot i la recuperació d’algunes espècies amenaçades molt emblemàtiques o la protecció d’espais naturals, els indicadors sobre l’estat de la biodiversitat i el patrimoni natural mostren que Catalunya continua perdent biodiversitat i que les poblacions d’animals i plantes disminueixen. Per exemple, el càlcul per a Catalunya de l’índex Planeta Viu, un indicador sobre l’estat de la biodiversitat mundial adoptat pel Conveni sobre la diversitat biològica i els objectius d’Aichi, evidencia una greu tendència regressiva, amb una disminució del 22% de les poblacions de 258 espècies de vertebrats i invertebrats per al període 2002-2016.
Des d’una perspectiva econòmica, el cost d’oportunitat per incomplir l’objectiu de la Unió Europea d’aturar la pèrdua de la biodiversitat per al 2020 es calcula en 50.000 milions d’euros anuals.